Stephan Zirpel ist seit 2021 Vorstandsmitglied von Nationale Naturlandschaften e. V. Er vertritt in der Runde die im Verband assoziierten NGOs. Sein Ziel ist die stärkere Vernetzung der Mitgliedsverbände mit den Nationalen Naturlandschaften, um eine Unterstützung der Gebietsinteressen durch die NGOs im politischen Raum wirksamer zu gestalten.
Seit 1979 engagiert sich Stephan Zirpel beim Naturschutzbund (NABU) auf Landesebene in Hamburg, zunächst bei der Naturschutzjugend und seit 1996 hauptamtlich als Landesgeschäftsführer des NABU Hamburg. Von 2011 bis 2019 war er im Vorstand der Umweltstiftung Michael Otto. Seit 2019 ist er beim WWF Deutschland als Fachbereichsleiter Naturschutz Deutschland tätig.
